崇明区由崇明、长兴、横沙三岛组成，陆域总面积1411平方公里。崇明岛位于中国海岸线中点位置，地理方位东经121°09′30″至121°54′00″，北纬31°27′00″至31°51′15″，地处中国最大河流长江入海口，是世界最大的河口冲积岛，也是仅次于台湾岛、海南岛的中国第三大岛。全岛三面环江，一面临海，素有“长江门户”、“东海瀛洲”之称。西接长江，东濒东海，南与浦东新区、宝山区及江苏省太仓市隔江相望，北与江苏省海门市、启东市一衣带水。全岛面积1267平方公里，东西长80千米，南北宽13～18千米。岛上地势平坦，无山岗丘陵，西北部和中部稍高，西南部和东部略低。90%以上的土地标高（以吴淞标高0米为参照）在3.21米至4.20米之间。地处北亚热带，气候温和湿润，年平均气温15.2℃，日照充足，雨水充沛，四季分明。岛上水土洁净，空气清新，生态环境优良。 

长兴岛位于吴淞口外长江南水道，东邻横沙岛，北伴崇明岛。岛呈带状，东西长26.8千米，南北宽2～4千米。面积88平方公里，其中滩涂面积8.5平方公里，可耕地面积26.2平方公里（不包括前卫农场）。南沿有深水岸线近20千米，一般水深—12米至—16米，最深处—22米，可停靠30万吨级轮船。

横沙岛位于长江入海口东端，三面环江，一面临海。西靠长兴，北与崇明岛遥相呼应，南与浦东新区隔江相望。岛呈海螺形，南北长12千米左右，东西宽8千米左右。平均海拔2.8米。总面积56平方公里，其中可耕地面积26.8平方公里。尚有滩涂资源0米以上约13333.33公顷、—5米以上44666.67公顷。周边岸线30余千米，其中南端约有2千米深水岸线，水深—12米左右。

建置沿革 

崇明岛（沙洲）形成有1400年历史，唐武德年间（618～626），长江口胡逗洲（今南通）东南方向涨出两座沙洲，相隔70余里，史称西沙、东沙。据说武则天万岁通天年间（696～697），始有渔民、樵夫在西沙农耕定居。五代十国时期，杨吴于天祚三年（937）在西沙设立崇明镇，辖于静海都镇遏使（今南通），这是崇明地区有建置的开始。显德五年（958），后周军队攻下南唐在江北的所有领地，暂时废除崇明镇建置。北宋初又恢复崇明镇，隶属于通州海门县。北宋天圣三年（1025），续涨出姚刘沙并逐渐与东沙接壤。建中靖国元年（1101），于姚刘沙西北50余里处涨出三沙。南宋嘉定十五年（1222），将姚刘沙废弃的韩侂胄庄园设为天赐盐场，隶属于淮东制置司。宝庆元年（1225），天赐盐场划归淮东总领所。至宋代，在西沙逐渐形成平等、道安、释乐3个村，之后渐有坍塌。 

元朝至元十四年（1277），崇明镇升为州，隶属扬州路。首任崇明知州薛文虎，在姚刘沙天赐盐场提督所旧址建立州城。改崇明镇为西沙巡检司，仅存的道安村改为道安乡。元代后期，东沙与姚刘沙相连，并不断南坍北涨。元至正十二年（1352年），旧城坍没，州城一迁于原址北15里处。元末明初，东沙坍没大半。

明洪武二年（1369年），崇明降州为县，仍隶扬州路。洪武八年（1375年），改隶苏州府。建文年间（1399～1402年），在三沙西南30余里处涨起平洋沙。永乐十八年（1420年），城南为海潮坍迫，县城二迁于北10里处秦家符(村)。弘治十年（1497年），兼隶太仓州。正德年间（1506～1521年），长沙露出水面，在平洋沙东南，该沙成陆后位置基本未产生迁移。在此期间，姚刘沙与西北三沙连成一片，而西沙坍塌仅剩道安一个乡。嘉靖八年（1529年），秦家符（村）旧城坍没于海，县城三迁于三沙马家浜，该城存在20多年就坍塌。嘉靖二十九年（1550年）左右，姚刘沙坍没，三沙始坍。嘉靖三十四年（1555年），县城四迁于平洋沙，存在近30年。万历十一年（1583年），平洋沙始坍，后来坍存部分渐与长沙接壤。万历十六年（1588年），县城五迁于长沙，城周方圆4里7分，之后一直延续至今。

至清初，长沙开始逐渐形成一个大岛，并持续涨积。清顺治年间，南明御史沈廷扬、将领郑成功、张名振都来反攻过崇明岛。清顺治十六年（1659），为了“反清复明”的旗号，郑成功率领水师进攻崇明县城（今城桥镇），被总兵梁化凤带领崇明县军民顽强击退。清康熙元年（1662年），随江流变化，三沙大半坍没，留下东三沙和西三沙的残余。雍正二年（1724年），崇明县专隶于太仓州。明清时期，又有大安沙、高明沙、享沙、日隆沙、富民沙等许多小沙洲时东时西、忽南忽北涨坍变化。至晚清时，以长沙与平洋沙相互连接后为主体形成现今崇明岛形状。长兴岛形成于清咸丰年间（1851～1861年），至今150年左右。横沙岛形成于清光绪年间（1875～1908年），有120多年历史。

1911年，沪军都督派遣民军赶走崇明镇台，建立民国崇明县政府，隶属于江苏省管辖；1914年，崇明县隶属沪海道管辖。1926年9月，陆铁强、俞甫才建立崇明县最早的中共党组织。1927年，崇明县又划归江苏省；1928年，崇明县外沙10个乡划出另建江苏省启东县。1933年，崇明县隶属于江苏省第七区；1934年，隶属于江苏省第四区（南通）。1939年，崇明特别区公署隶属上海特别市（汪伪政权）。1945年抗战胜利后，崇明县再次隶属江苏省管辖；1946年，隶属江苏省第三区（松江）；1949年，隶属江苏省南通专员公署。1949年2月，蒋介石钦点萧政之出任崇明县长，成为民国政府在崇明岛的最后一任县长，任职4个月，1949年6月随桂永清兵舰败退台湾。

1949年6月2日崇明县解放，隶属江苏南通专区。1958年12月1日，改隶上海市。1950—1980年代对崇明岛北部滩涂的围垦，有了东风农场、长江农场、跃进农场、前哨农场等十多个农场的规模。1980、1990年代又对团结沙、东旺沙进行大围垦，形成后来的东滩。2005年5月18日，原属上海市宝山区的长兴乡、横沙乡划入崇明县。2009年11月18日，长兴撤乡建镇。至2016上半年，崇明县是上海市16个区县中唯一的县。2016年7月，崇明撤县设区。至2017年底，崇明区辖有16个镇和2个乡，区政府所在地城桥镇是全区政治、经济和文化中心。